>>488の人ではないけど
そのコマンドはmasterの先頭を拾うので厳密には3.0.1とは違う
（3.1に向けた開発ブランチ。最新）
3.0.1をピンポイントで拾いたいならn3.0.1タグを指定して実行
git clone -c core.autocrlf=false -b n3.0.1 --depth 1 git://source.ffmpeg.org/ffmpeg.git ffmpeg

ちなみに3.0.1は今の先頭から700コミットくらい後ろだよ