ffmpegでMUXした動画がiPod touch5（iOS8.4）で正常に再生できません
フレームが順番通りに流れない感じでガクガクになります
Windows上とXperiaZ5c上では正常に再生されます

ffmpeg 66edd86
mp4box 最近GPACから抜き取ったもの
video avisynthとx264で出力した.264 1280x720 30000/1001fps Level 3.1
audio fawして戻した.aac

ffmpeg -i input.264 -i input.aac -vcodec copy -acodec copy -absf aac_adtstoasc -movflags faststart output.mp4

このコマンドだと正常に再生されないので
一度mp4boxでMUXしたものを

ffmpeg -i input.mp4 -vcodec copy -acodec copy -movflags faststart output.mp4

こうするとiPod touchでも正常に再生できます
ffmpegだけでMUXしてiPod touchでも再生できるようにしたいのですが
どうしたらいいですか