ffmpeg -i input.mp4 -itsoffset 0.5 -i input.mp4 -c copy -map 0:0 -map 1:1 -brand mp42 output.mp4

を使うと、-itsoffset 0.5が正の値でも負の値でも動画の最初がフリーズしてしまいます。

ffmpeg -i input.mp4 -ss -0.5 -i input.mp4 -c copy -map 0:0 -map 1:1 -brand mp42 output.mp4

だと、-ss -0.5が正の値だと正常に出力されました。
ただ、負の値だと最初がフリーズしてしまいます。

一度この0.5のところを00:01:30.000とか長めに設定して試していただけませんか？