まずオプションの解釈が最近のバージョンはしっかり整理されたのかこういうことらしい。
ffmpeg [global_options] {[input_file_options] -i ‘input_file’} ... {[output_file_options] ‘output_file’} ...
で、-ssはinputとoutputに作用するから { } のかたまり単位で発動するということ。
-ssで指定した分だけinputを読み飛ばし、-ssで指定した分だけ最初の書き込みを行わない。

で、書き込みを行わなくても中の時間は進んでいるからtrimフィルタの終わりの時間指定に影響が出て
結果指定した長さの分の尻切れになるということじゃね？