> 一行ずつファイルパスや検索ワードを記入したテキストファイルを読み込んで
と要求してるから

for /f "delims=" %%a in (searchword.txt) do (
C:\hage\hoge\Everything.exe -s "%%a"
pause
)

これでいけるんじゃね？
確認はしていないがいちいちquitしなくても次々と投げられたクエリを複数起動することなく処理するようになってたと思うし