「最後のタブを〜」の設定を有効にしているとポップアップウインドウを閉じた際にも新しいタブが開かれてしまうな
Ctrl+Wのキーボードショートカットで閉じた場合に限られるみたいだけど

http://www.popuptest.com/goodpopups.html