パーティーションバックアップからの復元なら復元先のパーティーションは指定
出来るんだよね？

１　パーティーションバックアップでシステムパーティーションとCをバックアップする
２　システムパーティーションとCをそれぞれ外付HDDに復元する
３　外付HDDを内蔵HDDと入れ替える
４　ここで起動しなければWinの起動ディスクで起動してスタートアップ修復をしてブート
　　の修復をする（元HDDと外付HDDではパーティーション構成等が違って起動出来ないんだろうから）

元HDDへの復元なら4の作業は不要で起動するはず、復元するのも基本的にはCだけで起動する