ということで、お騒がせしましたがMAC使いはそのChromiumが実装するFLASH以外のものを使う場合はコマンドライン起動が必須と分かった以上、

ChromiumのChrome://flagsでNPAPIをオンにして、Chrome://pluginsでPPAPIのFlashはオフって、NPAPIのFlashを「常に実行許可」で使うことにします。

過去ログを読むかぎり（MACも同じかどうか分からないけど）、NPAPIが使えるのは331982（45.0.2417.0）が最後ですかね。

NPAPI版だと、最初の一回に「もうすぐサポート切るぞ」っていうのが出るだけで済むので。
YAHOOのトップをリロードする程度でも毎回「今回は実行」を押させられるよりはずっと負担軽減。
最新のPPAPI使うためにはコマンドラインからの起動が必須というのも受け入れられないし。

Chromiumアプリ内に最新PepperFlashを実装するなり、デフォでOSのPPAPIを読みにいくなりするChromiumバージョンが出るまでの辛抱ということでしょうか。