ちょっとしたことでwindows用の32bit版Chromium42.0.2293.0をインストールしたら
プラグインのインストールでフラッシュプレイヤーをインストールし直しても有効にならなくなりました
アンインストールしたアップデートしていなかった64bit用Chromiumではきちんと有効になっていました
原因がわかる方がいたら教えてください