GM_setValue系の関数がどうかは関係なかった
「@run-at document-start」の早い段階でGM関数呼び出すと↓みたいなエラー出て関数が呼び出せない？

Scriptish アクセス違反： unsafeWindow は以下を呼び出す（call）ことができません - GM_getValue by resource://scriptish/config/config.js