トリーミング保存ソフト TubeDigger（約3000円）の体験版を使ってみました。
http://www.tubedigger.com/

以下はMXONEではダウンロード出来なかったサイトです。

showTime
hulu
NHKオンデマンド
gyao
日本テレビいつでもどこでもキャンペーン

　TubeDiggerの使用でshowTime、hulu以外ダウンロード出来ました。
ここ以外のマイナーなサイトもMXONEで駄目だった３ヵ所すべてダウンロードできました。

TubeDigger＋キャプチャーソフトが現実的な方法かと思います。

MXONEのキャプチャーソフトは意外と便利に使えますす、他にお勧めのキャプチャーソフト有ったら教えください。