すまん、今確認したらDragonフォルダ下に作ってあったPepperFlashフォルダが消えてた
もう一度作って再起動したらFlashはPPAPIモードで普通に動いたよ…
dragon://pluginsでは有効と表示されてたのにDragon更新時に消されたのかな orz