＞まともにアプデっつったってんなもん上書きインスコ以外無いんだが・・・

だからポータル版薦めてやってんだろ
同期ってのはIronのバージョンとか関係なく設定内容と拡張の同期だから。
とりあえずアップデート前にgoogleにログインして拡張とか設定とか保存しておく。
新バージョンをダウンロードしてきて起動後にログインすれば同期される。
ブクマ以外設定し直すとか無駄でアホな事もしなくておｋ。
X-Ironでも使ってプログラムフォルダ名にバージョン番号付ければ
ファイルが上書きされる事も無いしいちいちリネームの必要も無し。
最新版使って問題なければ旧バージョンのフォルダだけ消せば良いし残しておいてもいい。