>>591
改めてバックアップイメージ(tib)の中身を確認してみたところMSRが含まれていませんでした。
リカバリ後にパーティション構成が変わってしまったのは、このせいですね．．
（ディスクの先頭に新たなMSRが作成され、その後ろにリカバリされた模様。）

今のAcronis True Image 2014 では、MSRを見ることもバックアップすることも出来ないようです。

何とかパーティション構成を維持したままドライブ丸ごとのイメージバックアップが出来ないかと、
未割り当て領域も含めたセクタ単位のバックアップも試してみましたが、やたらと時間が掛かる
だけでやはりダメでした。