試しにHTML5を有効にしてみたが、ちゃんとON/OFF切り替わる。
ちなみにIron Portableを使用。Flashは11,9,900,117。

インストール版使ってるなら、一度Chromiumフォルダごと消してみるのが間違いないかもね。
C:\Users\<username>\AppData\Local\Chromium\〜