>>515
X-Launcherの設定ファイル(X-Iron.ini)の
[Options]
DeleteTemp=false
にしとけば終了時に消されることは無いよ

>>516
[RunBefore]
;RegEdit=%Registry%\$AppName$_1.reg;$AppName$_2.reg
というように頭にセミコロンをつけてコメントアウトしとけばレジストリに
ChromiumとMozillaPluginsのキーは作成されなくなるが
動作がよく分からないので弊害が発生する可能性はある
（特にMozillaPluginsを使ってる人は要注意）

なお29.0.1600.1_rev.11のデフォルトでは
Chromiumキーは終了時削除されるがMozillaPluginsキーのほうはそのまま残るみたい
ver.25の頃は終了時どっちも消されていたし、不確かな記憶だがVer.22の頃は作成もされていなかった