不具合かどうかはわかりませんが、結局基本設計が変だというしかありません。
マッチングの優先順位がユーザーの判断で上下すること自体間違っています。
検索語だけは別次元レイヤーとして、その他は文頭から調べて先にマッチしたものがその範囲の終わりまで優先です。
大きな範囲の中に含まれている小さな範囲のマッチングは、オーバーレイ表示するかどうかをユーザーが選べます。
つまり本来は今のWZ色分けのoverオプションを各パターンで順位付けできるようにするべきなのです。

WZは基本的に文字色だけで背景色を変更できないので、この仕様では広範囲の色分けが不利ですね。
処理時間の問題があるとは思いますが、シンタックスカラーリングができるたいていのエディタではやっています。
WZPというコードエディターも作ったことだし、この辺は見直してほしかったんですけどねえ。
（WZP購入していないので強くは言えないw）