ほとんどスレ違いですが、自己解決したので書いておきます。

PPxのEverything Search Moduleから、Everything検索を多用しているのですが、
PPtrayの設定「エディットボックス拡張を外部に提供する」をオンにした状態でmigemo.dllが読み込まれていると
秀丸エディタの置換検索欄でC/migemoが発動してしまうことが原因でした。設定をオフにすることで解決しました。