Toolsのコマンドライン版は知らなかったので、
Workstation 9のゲストOS側で、
手動でToolsの圧縮も試してみました(圧縮OK)。

相変わらず、
「ディスクのクリーンアップ」では変化無いので、
同等の機能では無い。・・・ということですかね。