GSdx r5186よりOpenGLを使った描画に対応しました。ソフトウェアレンダリングの時はDirectXよりOpenGLを使った方が高速な場合があるので、状況によって使い分けるのがベストだと思われます。
とPS2WiKiに書いてありますが設定項目がどこなのかわかりませんどこでしょうか?
GSdx5412を使用しています。