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少し待てば作者さんから的確なレスもらえると思うけど
とりあえずLOADEVENTに一時的に必要なコマンドいれるとか。
メインスクリプト
//!*script
PPx.Execute('*setcust KC_main:LOADEVENT,*script "%0%\\script\\aaa.js"');
PPx.Execute("%K\"@'F11'"); //窓増加
サブスクリプト(aaa.js)
//!*script
PPx.Execute('*pane focus ~'); //フォーカス移動
PPx.Execute('*setcust KC_main:LOADEVENT,'); //元の内容に戻す