>>601
・過去ログで何度か出てると思うが試してみ。
PCSX2_ui.ini
Visible=enabled → Visible=disabled

特定の環境ではコンソール表示ONだと起動しない。
まぁコレが原因じゃないならしらん。

・プロセス終了面倒ならバッチファイルでもつくれ。
@echo off
taskkill /im pcsx2.exe
start pcsx2.exe