いまさらだが元の質問は

>追加した仮想HDDを .... コピーして保管しておきたいんだけど
>その場合、追加した仮想HDDのvmdkファイルだけをコピーしておけばいいの？

なので、

「仮想HDDのvmdkファイルだけをコピーしておけばいい」が正解だな。
だれも仮想マシンファイルの話なんかしていない。