下のほうが切れるってのがよくわからんな
nativeでやると4:3じゃない解像度だからSS取ると下が切れるんじゃなく、アス比が狂うと思うんだが
まぁinternal resを640x480なり1280x960なり、4:3になるようにすりゃいい
もしくはゲーム窓そのものをキャプチャすりゃいい