やっとFPSが安定しない原因が分かったかも。
PCSX2がCPU2コアまでしか対応してないって事みたいだけど、
Corei5(4コア)みたいなCPUだとタスクマネージャーからプロセスにある
PCSX2の右クリック、関係の設定ってとこでCPUを２つだけにしたら改善されました。

よって>>165の事は関係みたいですたｗスレ汚しすいません。
もし４コア以上のCPUで動作が不安定な方がいたら試してみて下さい。