自己解決しました。原因はWindows Driver Kitでした。
Platform SDK for Windows Server 2003 R2をインストールし直接ディレクトリのパスを指定すればコンパイルできました。
元々本家のwiki通りの
$(ProgramFiles)\Microsoft Platform SDK for Windows Server 2003 R2\include\atl
$(ProgramFiles)\Microsoft Platform SDK for Windows Server 2003 R2\include\mfc
をディレクトリに設定しても上手く読み込めずとりあえずWDKを使ってたのですが、直接パスを入れれば大丈夫でした。