エンコードは64bitの方が明らかに速いよ。avisynthを使ってみれば分かる。
それにフィルタをたくさん使うとメモリも馬鹿みたいに喰う。エンコするなら8GB位メモリは欲しい。
エミュに関しても、MAMEとかDolphinとか64bit版があるやつは、基本的に32bit版よりも速いはず。