未だに理解していない人間が多いようだが、TrueCryptで暗号化するには三通りの方法がある

①　HDDにコンテナファイルを作成し、そこに暗号化ボリュームを作成する
②　HDDにファイルを作成せず、パーティションのみを作成し、そのパーティションを指定して暗号化ボリュームを作成する
③　HDDにファイルもパーティションも作成せず、ドライブ自体を指定して暗号化ボリュームを作成する

これらの実用上の特徴はと言うと、
①はアンマウント時にもコンテナファイル自体は普通に見えてコピーも移動も自由に可能
②はHDD接続時に「フォーマッットしますか？」と聞かれ、うっかり「はい」と答えてしまうと内容が失われる
③はHDD接続時に何も聞かれず、ディスクの管理でも未設定と表示される

HDD丸ごと暗号化には個人的には③がオススメだな