解決した。

Todo Backup v3.5 に変えて、>>798と同じ環境、同じ手順で換装を行ったところ正常に起動。
v3.5ではCloneDiskがLinuxを介して行われるようになったのでMBR周りが上手くクローンできたのだと思う。

Optimize for SSD オプションも、しっかりとオフセットが4,096になり、ベンチの Random Write が正常な速度に。
実用性はともかく、xpで面倒なアライメント調整周りが簡単にできるのは便利。

SSD換装を考えてる人にはv3.5は良いものだと思う。