初心者です、一つ教えてください

0.97(r3878)でGSはGSdxを使ってます
ResolutionをWindowedで起動すると、画面が少し大きいのです
640×480程度で起動したいのですが、ウインドウサイズを変更するにはどうしたら良いのでしょうか

GSwindowの項目でCustom Window Sizeを640×480にしても画面は大きいままで困ってます
どうか教えてください