レターボックスやサイドパネルの様に最初から黒帯が入ってるならオリジナルでいい

ビスタサイズ等の扁平な場合は再生時に引き伸ばされる映像になるので
オリジナルで処理した後にyamb(mp4box)等のツールでピクセル比を1:1に直す

黒帯を消したいならFreemakeでは難しいので
XMedia Recode等のクロップ処理できるツールで変換する