Mery 1.X
C:\Program Files\Mery\ユーザー名
C:\Program Files (x86)\Mery\ユーザー名
任意のドライブやフォルダ\Mery\ユーザー名

等にある、Mery.his Mery.ini をMeryフォルダに移動、ユーザー名フォルダは削除

Mery 2.X
Windows 7 Vista
C:\Users\ユーザー名\AppData\Roaming\Mery
Windows XP
C:\Documents and Settings\ユーザー名\Application Data\Mery

にある、Mery.his Mery.ini を
自分がMeryフォルダを置いたMery.exeのあるフォルダに移動

これで2.X系も今まで通りMeryフォルダだけで運用出来るみたいですね。
ブログにも書いてありますけど、一応・・・