>>520
\sは"空白文字"を表し、改行等の制御文字も含まれる為、
\s+$
で行末の改行文字
\n
で次の改行だけの行がマッチしてしまうので行数が詰まる。

これを解決するにはスペースだけを対象にすれば良い。
具体的には半角スペースをエスケープする。
末尾の\nは省き、置換には何も入れない(つまりマッチ箇所を削除する)。

検索:\ +$
置換: