>>239は src\native_client\src\trusted\plugin\plugin.gyp の12,52,59行目と
src\native_client\src\shared\ppapi\ppapi.gyp の127,221行目にある
「ppapi_cpp」を「ppapi_cpp_nacl」と別名に書き換えてから
gclient runhooks --force で更新したら警告は出なくなった。
ビルドログ上でも「ppapi_cpp_nacl」がちゃんとビルドされて正常終了してる。