仮想ディスクの仕様について教えてください。

その前に、僕はVMwareを常用していて、今度２TBのHDDを購入したので
仮想マシンをそっちに引っ越しました。
そのHDDはWDのラージセクタで、物理セクタサイズが2048kBなんです。
パーティション内の話であればアロケーションユニットサイズを2048kBにすればサイズはぴったり合うんですが、
XPではMBRが１セクタ（256バイト）しかないのでずれてしまいます。

物理ディスクであれば第一パーティションの開始位置をずらすことでアライメント調整ができますが、
仮想ディスクで可変サイズの場合は未使用領域は確保されません。
つまり、アライメント調整は不可能です。
仮に物理セクタを直接いじれるようなツールを使って 仮想ディスクの先頭2048kBにデータを書き込めば、
第一パーティション先頭の位置は調整できるでしょう。
では、パーティションを２つ以上作る場合は？
２つ目のパーティションを続けて作った時、
先頭2048kB＋MBR＋PBR＋PBRという順番に書き込まれるんじゃないでしょうか。
いや、それもパーティション割り当てと同時にNTFSでフォーマットすれば問題ないかもしれません。

一番問題なのは、仮想ディスク上のパーティションのアロケーションユニットサイズを2048kBとした場合、
物理的に2048kB確保されるのかどうか。
もし、データが512バイト未満だった場合に、仮想では2048kB確保されているのに、
ファイルサイズでは512バイトしか確保されなかったりした場合、
結局仮想マシンでアライメントを合わせるには、固定サイズで使うしかないと言うことになりますよね。