>>829 さんの書き込みを参考にしてMP4Box(GPAC)をUbuntuに入れて
x264、aac各単独ファイルをmuxしてmp4作ってみたんだけど、
avconv(FFmpeg)でmuxしたのより容量が微妙に小さくなった
もしかして同期に必要な情報が削られてたりしないかと気になってるんですが
わかる方いますか？

avconv -y -i test.mp4 -i test.aac -c copy test_avconv.mp4
MP4Box -add test.mp4#video -add test.aac#audio test_MP4Box.mp4