>>817
シーク位置にこだわるならプレイヤー側で対応したほうが良いかも。MPC-HCなら
「表示」→「オプション」→「詳細設定」の「高速シーク（キーフレームに）」の
チェックをはずせば自由な位置でシークできるようになります。
このシークの動作が重く感じるなら、自由位置のシークが比較的軽いプレイヤーに
乗り換えるとか（VLCプレイヤーなど）

キーフレームの挿入間隔(GOP)を小さくしていけば、キーフレーム単位でシークする
プレイヤーでも細かくシークできるようにはなるのですが、キーフレームは
容量を食うので-b:v 2000kのようにビットレートを制限するエンコードでは
画質を損なう可能性があります。