>>458
私もversion 1.0を入れ替えたばかりだったので
興味が沸いて調べて見ました。

以前のffmpegだと出来ないと思っていたけど
最新のバージョンだと出来るっぽいね。
ttp://ffmpeg.org/ffmpeg.html
英語読めないから何となくexを眺めただけ。

あなたのバージョン番号見てみたらかなり新しいから
こんな感じでいけない？

ffmpeg -i test1.flv -c:v copy -filter_complex 'channelsplit=channel_layout=2[L][R]' -map 0:v -map '[L]':a:0.1 -map '[R]':a:0.2 -f matroska test2.mkv

ただ、分割後のコーデックの指定とか仕方、もろもろ分からない事がいっぱいだけど、
多分これで音声をマルチチャンネルに出来るはず。
適当なファイルがflvしかくて、出力ファイルの指定も面倒だったのでmatroskaにしちゃったから、
そこら辺は適当に書き換えちゃってください。

私はプレイヤーの音声切り替えの仕方が分からないので確認できなかったけど・・・。
間違っていたらごめんなさい。
もっと分かる人がいたら誰かフォローしてください。

おまけ
以前のバージョンと泣きそうになるくらい、かなり変わってるね。(日本語訳があったバージョン)
ttp://fixedpoint.jp/ffmpeg/ffmpeg-doc.html
↑これは、最新バージョンとだいぶ変わっちゃったから、いつか分からないけど前のバージョン使っている人向けのドキュメント