参考になったサイト:

FFmpeg on Mac OS X How-to
http://stephenjungels.com/jungels.net/articles/ffmpeg-howto.html

Building ffmpeg on OS X
http://troykelly.com/2007/01/18/building-ffmpeg-on-os-x/

faac compiler error on PPC
http://forum.videolan.org/viewtopic.php?f=12&t=40647&start=0

FFmpeg x264 encoding guide
http://rob.opendot.cl/index.php/useful-stuff/ffmpeg-x264-encoding-guide/

iPod video guide
http://rob.opendot.cl/index.php/useful-stuff/ipod-video-guide/

faacのビルド以外は意外とすんなりいきました。