>>237
3Dファイルについては、詳しくないのですが、ちょっと、調べてみました。
拡張子がmpoってやつですかね？
jpegを基本に、更に3Dのための情報を追加している見たいですね。
ttp://blogs.yahoo.co.jp/simasaki2001/18166346.html
ttp://slashdot.jp/~stehan/journal/497329

少なくとも、私が使っているffmpeg0.8では未対応でした。

ただ、ググってみると ver0.8.7あたり対応している見たいなので
ffmpegの最新版を入れて見て、直接mpoファイルで編集してみてください。

ttp://www.google.co.jp/#sclient=psy-ab&hl=ja&source=hp&q=ffmpeg+mpo&fp=7b960d55db74915f

お役に立てなくて住みません。