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-threads 4 正しくを指定した場合、4コアとも65%程度。
-threads未指定の場合は1コアのみ90%程度で残りは10%以下なので、-threads指定が正しく機能しているのは
確かなようです。
出力ファイルをnulにしてもfpsに変化は無いので、HDDがネックになってるわけでもなさそうです。

入力を640x480のMPEG2-Videoにすると250fps程度でるので、エンコード側がネックではないのは間違いなさそうです。
-sws_flags fast_bilinear+mmx2 の追加でわずかに改善。(50fps→52fps)