>>433
「環境設定 > 環境 > 自動保存」の「バックアップファイルの格納ディレクトリを一つに」に
チェックを入れているんですが、「バックアップファイルの保持数」が
  0のとき: mmファイルの位置は変わらない
  1のとき: バックアップファイルがないとき、mmファイルの位置が変わる
  2のとき: mmファイルの位置が変わる
という挙動でした(Freeplane 1.2.5/Vista/Windowsクラシック)。
とりあえずバックアップファイルなしにするしかないのかな・・