>>333
詳細な情報ありがとうございました。
Freeplane も何度か試用したのですけど、ドキュメントタブを上に配置できないのが
好きになれず、継続使用には至りませんでした。

そんな訳で、FreeMind を単一インスタンスで使用する AutoHotkey スクリプトを書いてみました。
当方の環境 (Win 7 x64 + JRE 6u22) では期待通りに動作しています。
興味のある方がいらっしゃればアップします。