>仮想ハードディスクを全部ひとまとめにするメリットって、
>管理のしやすさ以外に何かあるんですか？
ありません。
事前に領域を割り当てておくと、パフォーマンスが上がるとは言われていますが、
「仮想ディスクを単一ファイルにする」ことで、パフォーマンスが上がる、というのは
聞いたこと無いです。
（個人的には、むしろ２G分割で事前割当のほうが、パフォーマンスが上がるような気がしてる。）
なので、やはり、管理のしやすさだと思います・