Acronis True Image Home 2009にてCドライブをバックアップ
そして、OSの調子が悪くなたので復元したのですが
OSの起動に時間がかかるようになってしまいました。

バックアップ作成の時より体感で2〜３倍くらいの時間がかかるようになってしまったのですが
原因がわかりません。

PC構成は
OS：VISTA64、マザー：BIOSTAR・TPowerX58 CPUi7・930 メモリ６G
グラボ：ATI RADEON HD2600PRO
HDD：WDC WD15EARS-00Z5B1

復元前と復元後ではハードウエア構成、アプリ、WINDOWSの更新など
ほぼ変わりはありません。
復元する時、MBRの復元にはチェックを入れていませんでした。
これが原因なんでしょうか？