MFTを読み込む検索ツールを見つけた。
↓
NTFS Direct File Find
http://ndff.hotbox.ru/en/index.html

コンソールアプリだし
キャッシュを作成しないのでEverythingよりもかなり遅いんだけど
ジャンクションやハードリンクもサポートしてるらしい。

試してみたところ、確かにハードリンクも検索出来た。