あっ、そうか。解決方法が分かった。

渡された引数を実行するだけの簡単なプログラムを組んで、
非管理者権限で常駐させておけばいいんだ。
後は Everything.ini の open_file_command を書き換えておいて、
必ず非管理者権限のプロセスを通してファイルが開かれるようにすればいい。