リネームしたいディレクトリやファイルをあらかじめまとめてマークしておき
個別に名前変更したいと思います

KC_main={
R,%K"@\R"%k"&N &D ENTER"
}

で一応OKっぽいのですが、
ファイル名を変更・・・チェックはずす
ディレクトリ名を変更・・・チェックする

で、マークしたディレクトリとファイルがリネーム対象になるのですが
なぜファイルもリネーム対象になるのでしょうか？

ファイル名を変更・・・チェックする
ディレクトリ名を変更・・・チェックはずす

だと、マークしたディレクトリ内のファイルと、マークしたファイルが
リネーム対象になります。