私の環境では>>135でも異常終了したので、環境依存の可能性が高そうですね。
IE6.0.2900.5512.xpsp_sp3_gdr.100216-1514と、随分古いので。
>>135と内容的にはほぼ同等ですが>>130を書いた際のvbsの再現コードです。
*script "%0test.vbs"等と定義して呼び出しました。

|'!*script
|Option Explicit
|SetClipbrd("hogehoge")
|PPx.Quit
|Sub SetClipbrd(CopyStr)
| Dim objIE
| Set objIE = PPx.CreateObject("InternetExplorer.Application")
| objIE.Navigate("about:blank")
| Do While objIE.Busy
| PPx.Sleep 10
| Loop
| objIE.Document.parentWindow.clipboardData.setData "text",CopyStr
| objIE.Quit
| Set objIE = Nothing
|End Sub

一時ファイルに出力するのは折衷案として良いアイディアですね。
地味ながら確実で楽なので、その方法でいこうと思います。
パイプを使う方法の実現イメージが分からないのですが
*script "%0test.vbs" |clip.exe
の様な呼び出しが可能なのでしょうか。
それともvbs内からWshShell.Runあたりで type tmp.txt| clip.exe 等とするのでしょうか？