うちじゃ画像を絵師ごとのディレクトリに保存してあって、
そこから内容別ディレクトリにリンクしてある。
だからリンク構造をバックアップできないと困る。

あとインデックスサービスの関係でContentIndexedも保存してくれないと困るとか。

マルチブート環境で設定を共有できるアプリ(Mozillaやゲームのセーブデータ)の設定情報を
全OS共通の場所に置いてあって、そこから各OSの%USERPROFLE%にジャンクション張ってるとか。
%USERPROFLE%そのものを共通の場所にすると設定共有できないアプリで困る。

まあ、色々と考えられる。
そんなのまで正確確実にバックアップするならファイルコピーじゃ不充分で、
ドライブイメージでのバックアップが必要になる。